본 연구소의 조직과 업무는 아래와 같다.
1. 소장: 본 연구소를 대표한다.
2. 부소장: 소장을 보좌하며, 소장 유고 시에 임무를 대행한다.
3. 운영위원회: 본 연구소의 운영과 활동을 기획하고 총괄하되, 위원장은 부소장을 겸한다.
4. 연구위원회: 본 연구소의 고유 업무인 성경원문연구를 수행한다.
5. 교육위원회: 본 연구소의 연구 결과를 편집 출판하며, 목회자들과 성도들에게 전달하고, 본 연구소의 활동을 홍보한다.
6. 본 연구소의 원활한 운영을 위하여 서기와 회계를 둔다.
7. 소장은 1인으로 하되 임기는 2년이며, 각 위원회의 위원 수는 약간 명으로 하고 임기는 3년으로 하되 연임할 수 있다. 단, 총회 신학위원장은 당연직 운영위원이 된다.
8. 각 위원회는 장을 두며, 필요한 임원을 둔다.
9. 본 연구소의 저널 및 서적 발간을 위하여 편집장을 둔다.
10. 각 노회별로 자문위원 2명을 두기로 하고 임기는 2년으로 한다.